Las nuevas variantes de SARS-CoV-2 que circulan en Argentina (variante UK, Manaos, Californiana y Rio de Janeiro) están cubiertas por nuestro kit Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Duo. Este se basa en la detección de regiones específica de los genes E y RdRp y, por lo tanto, no se ve afectado por las mutaciones encontradas en las variantes que circulan en nuestro país. Esta es una ventaja sobre otros sistemas de ensayos disponible en el país. Al ser de producción nacional, esto nos permite desde Biocientífica SA hacer un monitoreo periódico su efectividad en la detección de las diferentes variantes circulantes en el país.

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El proyecto PAIS, fue creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación. El Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.

El equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

De acuerdo a la información contenida en la base de datos global GISAID, existen quince variantes de SARS-CoV-2 en todo el mundo reportadas hasta el momento (07/04/21), de las cuales 4 circulan actualmente en nuestro país y pertenecen a los linajes B.1 y P.2, o sus derivados:

  • variante UK
  • variante amazónica o de Manaos
  • variante californiana
  • variante de Río de Janeiro

 

A continuación, se describen las características principales de cada variante; siguiendo, en la Tabla 1 se resumen las principales mutaciones no sinónimas y las mutaciones sinónimas que presentan.

  • B.1.1.7 lineage (20I/501Y.V1 or VOC 202012/01 or UK variant)

El linaje B.1.1.7 surgió en el Reino Unido a fines de 2020 y desde entonces se ha extendido a muchos otros países. Tiene una gran cantidad de mutaciones en todo el genoma, incluida una deleción 69-70 en el gen S, que es de interés para los laboratorios de pruebas clínicas, ya que puede tener un impacto en el patrón de detección cuando se utilizan algunas pruebas de PCR de diagnóstico molecular.

  • P.1 lineage (20J/501Y.V3 or Brazilian variant, Manaos)

El primer informe de P.1 provino de Japón en enero de 2021 cuando se detectó la variante en viajeros de Brasil. La variante se detectó por primera vez en Manaos, Brasil, la ciudad capital del estado de Amazonas, donde los resultados de secuenciación de diciembre de 2020 identificaron P.1 en el 42% de las muestras analizadas.

  • B.1.427 and B.1.429 lineages (20C/S:452R, California or West Coast variants)

Estudios recientes indican que B.1.427 y B.1.429 probablemente surgieron a fines de la primavera o principios del verano de 2020. Las dos variantes tienen mutaciones genéticas similares, aunque ligeramente diferentes

  • P.2 lineage (derived from lineage B.1.1.28 or VUI-202101/01 or Río de Janeiro variant)

Identificado por primera vez en Brasil, el linaje P.2 es descendiente de B.1.1.28. Esta variante se designó como VUI en la detección y en la revisión se volvió a designar como VUI 202101/01 (P.2) el 13 de enero de 2021. Se secuenció por primera vez en el Reino Unido en noviembre de 2020.

 

Tabla 1. Resumen de principales mutaciones sinónimas y no sinónimas para cada variante. Las mutaciones no sinónimas se indican sobre el gen que afecta y cuál es la posición en la que se intercambian los aminoácidos. El signo – indica una deleción. El * indica la introducción de un codón de stop en el marco de lectura de traducción. Las mutaciones sinónimas, se indican como el cambio de base en la posición del genoma.

UK variant

Manaos variant

California variant

Rio de Janeiro variant

No sinónima

Sinónima

No sinónima

Sinónima

No sinónima

Sinónima

No sinónima

Sinónima

S:H69-

C241T

S:L18F

C241T

S:S13I

C2395T

S:E484 K

T 10667G

S:V70-

C913T

S:K417T

T733C

S:W152C

T2597C

ORF1b:L3468V

C 11824T

S:Y144-

C3037T

S:E484K

C2749T

S:L452R

T24349C

ORF8: F120 F

A12964G

S:N501Y

C5986T

S:N501Y

C3037T

ORF1a:I4205V

G27890T

N:A119 S

G23012A

S:A570D

C14676T

S:H655Y

A6319G

ORF1b:D1183Y

A28272T

N:M234I

C28253T

S:P681H

C15279T

ORF1a:S3675-

A6613G

G28628T

ORF1a:S3675-

T16176C

ORF1a:G3676-

C12778T

G28975T

ORF1a:G3676-

ORF1a:F3677-

C13860T

-29754T

ORF1a:F3677-

N:P80R

A28877T

N:R203K

N:R203K

G28878C

N:G204R

N:G204R

ORF8:Q27*

Analizando la Tabla 1, podemos concluir que el mayor número de mutaciones ocurre para cada variante en el gen S (spike), y en menor medida en el ORF1a, ORF1b y ORF8, y en los genes N (nucleocápside) y E (envoltura).

El kit Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Dúo se basa en la técnica de RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 en función de los genes E y RdRp. El gen RdRp, junto a otros genes, forma parte de la poliproteína ORF1b. El kit emplea cebadores y sondas específicos para cada uno de los genes que en presencia del material genético del virus son capaces de amplificar durante la reacción de PCR pequeñas regiones o amplicones y emitir fluorescencia como señal para su detección por un termociclador.

De acuerdo a la información suministrada por el GISAID y resumida en la Tabla 1, la variante californiana (ORF1b:D1183Y) y la variante de Río de Janeiro (ORF1b:L3468V), presentan mutaciones del tipo no sinónimas que podrían afectar el desempeño del kit por ocurrir dentro del gen RdRp. Por esta razón, se decide abordar un análisis bioinformático de alineamiento múltiple (ClustalW) utilizando cada uno de los genomas secuenciados de las variantes en circulación en nuestro país (Proyecto PAIS, Tabla 2) y las secuencias de los cebadores y sondas diseñados para amplificar cada de uno de los genes que se detectan con el kit Schep.

A partir del resultado de este análisis, se desestima que los cambios de nucleótidos que finalmente originan las mutaciones de aminoácidos (no sinónimas), alteren la identificación por los cebadores y sondas diseñados para amplificar cada gen usados en el kit Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Dúo. Para el caso de las mutaciones ORF1b:D1183Y y ORF1b:L3468V, si bien aparecen en la poliproteína ORF1b, no ocurren dentro de la secuencia del gen RdRp. En cuanto a las mutaciones que implican cambios de nucleótidos pero que no generan un cambio de aminoácido (sinónimas), de las 4 variantes con más circulación en la región, ninguna de ellas afectaría la detección para el gen E y/o RdRp.

 

Tabla 2. Selección de genomas secuenciados de las variantes en circulación en nuestro país (Proyecto PAIS) sobre los que se realizó el análisis ClustalW.

Variante UK aislada en Argentina

  • Virus name: hCoV-19/Argentina/PAIS-A0470/2021
  • Accession ID: EPI_ISL_1395792
  • Type: betacoronavirus
  • Clade GRY
  • Pango Lineage B.1.1.7 (version: 2021-04-01)
  • AA Substitutions Spike A570D, Spike D614G, Spike D1118H, Spike H69del, Spike L938F, Spike N501Y, Spike P681H, Spike S982A, Spike T716I, Spike V70del, Spike Y144del, N D3L, N G204R, N R203K, N S235F, NS8 Q27stop, NS8 R52I, NS8 Y73C, NSP3 A890D, NSP3 I1412T, NSP3 N556H, NSP3 N1454H, NSP3 P153L, NSP3 T183I, NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 S106del, NSP12 N743I, NSP12 P323L, NSP14 V167I
  • Variant VUI202012/01 GRY (B.1.1.7)

Variante de Manaos aislada en Brasil (estado Paraná) – no hay datos de secuenciación de Argentina-

  • Virus name: hCoV-19/Brazil/MA-FIOCRUZ-11493/2021
  • Accession ID: EPI_ISL_1465220
  • Type: betacoronavirus
  • Clade GR
  • Pango Lineage P.1 (version: 2021-03-16)
  • AA Substitutions Spike D138Y, Spike D614G, Spike E484K, Spike H655Y, Spike K417T, Spike L18F, Spike N501Y, Spike P26S, Spike R190S, Spike S254F, Spike T20N, Spike T1027I, Spike V1176F, N G204R, N P80R, N R203K, N S193I, NS3 S253P, NS8 E92K, NSP1 I95V, NSP3 K977Q, NSP3 S370L, NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 S106del, NSP12 P323L, NSP13 E341D
  • Variant GR/501Y.V3 (P.1)
  • Passage details/history: Original

Variante Californiana aislada en Argentina

  • Virus name: hCoV-19/Argentina/PAIS-A0456/2021
  • Accession ID: EPI_ISL_1395786
  • Type: betacoronavirus
  • Clade GH
  • Pango Lineage B.1.427 (version: 2021-04-01)
  • AA Substitutions Spike D614G, Spike L452R, Spike S13I, Spike W152C, N T205I, NS3 Q57H, NSP2 T85I, NSP4 S395T, NSP6 A46V, NSP6 L125F, NSP12 P323L, NSP13 D260Y, NSP13 P53L
  • Variant GH/452R.V1 (B.1.429+B.1.427)

Variante de Rio de Janeiro aislada en Argentina

  • Virus name: hCoV-19/Argentina/PAIS-A0421/2021
  • Accession ID: EPI_ISL_1396225
  • Type: betacoronavirus
  • Clade GR
  • Pango Lineage P.2 (version: 2021-04-01)
  • AA Substitutions Spike A626S, Spike D614G, Spike E484K, Spike P809L, Spike V1176F, N A119S, N G204R, N M234I, N R203K, NS3 P240L, NSP5 L205V, NSP7 L71F, NSP12 P323L
  • Variant
  • Passage details/history: Original

 

Como conclusión podemos afirmar que el kit Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Duo se basa en la detección de regiones específica de los genes E y RdRp, no se ve afectado por las mutaciones encontradas en las variantes que circulan en nuestro país. Esta es una ventaja sobre otros sistemas de ensayos disponible en el país, ya que en caso del kit Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Duo que al ser de producción nacional podemos hacer un monitoreo periódico su efectividad en la detección de las diferentes variantes circulantes.

 

 Más información sobre Schep SARS-CoV-2 RT-PCR Duo:

https://www.biocientifica.com.ar/es_arg/novedades/1606-nuevo-schep-sars-cov-2-rt-pcr-duo

https://www.biocientifica.com.ar/es_arg/novedades/1600-biocientifica-sa-desarrolla-un-nuevo-kit-de-rt-pcr-para-sars-cov-2-de-alta-sensibilidad-covid-19-nuevo-desarrollo-argentino